Da die Story sich je nach Spielreihenfolge angleicht, ist es völlig egal, aber die meistgenutzte Reihenfolge ist Seasons -> Ages. Habe ich auch so gemacht damals, weil Ages mir stellenweise doch schwieriger vorkam und der Plot auch zumindest etwas (!) einfallsreicher ist als "Rette das Orakel".

Bei den meisten Auflistungen wird Ages als erstes genannt, im Manga geht's mit Seasons, aber das ist eigentlich alles absolut egal. Wie schon Sirius sagte, passt sich beim spielen mit Passwort, der Handlungsablauf der Reihenfolge an.
Wenn du mit Seasons anfängst lernt Link in Holodrum Impa kennen und zieht danach mit ihr weiter nach Labrynna und bei anderer Reihenfolge ist es halt umgedreht.

normalerweise zuerst Seasons und dann ages(und dann nochmal seasons), Ich weiss nicht mehr genau wo es stand, aber irgendwo hiess es mal dass man nicht alles in ages erkunden kann wenn man's andersherum macht oder so. Ich weiss aber nicht mehr was es genau war, aber irgendwas war anders/gar nicht vorhanden dann.
Würde Sinn machen wenn das nichtexistente 3. Spiel danach käme weil sie ja immer in der Reihenfolge Din,Nayru,Farore gelistet werden.

@Hylian Hero:
Das dritte spiel The Legend of Zelda: Mystical Seed of Courage wurde ursprünglich als erstes der drei programmiert und wurde gecancelt, interessanterweise scheinen die beiden Oracle spiele scheinen daraus entstanden zu sein^^
Guckst du hier.

Back to topic:
Also die beiden spiele sind zeitlich in einer schwebe, da man halt durch den ersten gespielten teil bestimmt welcher danach kommt.
Also wie bei mir immer zuerst Ages und danach Seasons.

Wenn du wirklich alles aus beiden Spielen mitnehmen willst, kommst du nicht drum herum, beide Spielrichtungen mal gespielt zu haben. HylianHero hat bereits versucht, das anzudeuten.

Sagen wir, du fängst jetzt mit Seasons an und verlinkst es dann mit Ages. Am Ende von Ages erhältst du noch ein weiteres Geheimnis, das sogenannte Heroengeheimnis. Damit startest du jetzt ein neues Spiel in Ages, hast aber trotzdem einen zusätzlichen Herzcontainer und kannst zudem alle deine alten Ringe mitnehmen. Erst wenn du jetzt nochmal Ages zuerst und dann Seasons spielst, hast du überhaupt die Chance, alle 64 Ringe zu sammeln (falls dich Sidequests interessieren).

Zudem ändern sich die Begegnungen mit den verschiedenen Charakteren, wenn man in die andere Richtung spielt. Außerdem gibt es je einen zusätzlichen Dungeon, die Heroenhöhle, welche je nach Spielreihenfolge völlig anders ausschaut. Es lohnt sich also durchaus, mal beide Reihenfolgen gespielt zu haben... auch wenn man dafür beide Spiele jeweils zweimal spielen muss.