Du musst so nah wie möglich an das Schiff heran, denn es bewegt sich und dann mit Bomben beschießen, irgendwann taucht es auf wenn du es triffst!

Nein das Schiff ist unsichtbar, immer wenn du ganz nah dran bist mit der aurasuche mit bomben danach schießen!

Du erkennst das Schiff auch daran, dass das Fadenkreuz, mit dem du zielst, nicht mehr ins Leere zeigt (d.h. irgendwo in den Sand bzw. ins Wasser), sondern quasi vor dir in der Luft (d.h. er zielt auf das Schiff, welches aber eben unsichtbar ist).
Wenn du es dann triffst, siehst du kurz seine Umrisse. Dann weißt du, wohin du feuern musst.

Bei dem Part muss man recht flink sein, aber keine Sorge, das Schiff hält nur ein paar Treffer aus, bevor es anhält.