In der weit entfernten Dasha-Region existiert ein Planet namens Aether.
Bevölkert wird er von hochentwickelten Wesen die sich Luminoth nennen.
Die Luminoth sind ein Volk welches viel von Licht versteht.
Damit Aether ewig existiert haben die Luminoth das Licht des Aethers in drei großen Energieregulatoren gesammelt. Einer in Agon, einer in Torvus und einer in der Geheiligten Festung. Der intelligenteste aller Luminoth namens U-Mos ist der Wächter des Erhabenen Tempels.
Die Luminoth lebten seither ein Leben voller Reichtum und Frieden. Doch eines Tages änderte sich das Schicksal des gesamten Planeten und seiner Bevölkerung.
Ein gigantischer Meteroid drang in die Atmosphäre des Aethers ein und schlug auf der Oberfläche auf. Durch den gewaltigen Aufschlag wurde ein Dimensionsloch erschaffen welches den gesamten Planeten transdimensional spaltete.
Obwohl nur ein Aether zu sehen war, existierten fortan zwei Planeten.
Ein Aether des Lichts und ein Aether des Finsternis. Während auf dem Aether des Lichts die Luminoth existierten, erwachte auf dem Aether der Finsternis eine neue Spezies zum Leben. Die Luminoth nannten diese neue Rasse die Ing und sie entwickelten effektive Lichtwaffen um sie zu bekämpfen.
Lange Zeit konnten die Luminoth den Angriffen der Ing standhalten. Einige von ihnen bauten Portale mit deren Hilfe man zwischen dem Hellen und dem Dunklen Aether reisen konnte. Die Luminoth merkten schnell welch giftige und todbringende Atmosphäre der dunkle Aether hatte. Deswegen brachten sie dort sehr viele luminothische Lichtkristalle und luminothische Leuchtfeuer an um sich besser zu schützen. Leider kam es wie es kommen musste. Die Ing wurden immer mächtiger und schließlich stahlen sie die Energie des hellen Aethers und pflanzten diese in den Energieregulatoren des dunklen Aethers ein.
Durch diese böse Tat war der Aether des Lichts und die Luminoth zum sterben verdammt. Bis auf U-Mos wurden alle anderen Luminoth von den Ing getötet und es stand schlecht um den Planeten. Außerdem tauchte ein Wesen auf dem Aether auf welches der dunkle Aether in Person war. Man nannte dieses Wesen die Dunkle Samus weil sie eigentlich genauso aussah wie die Heldin Samus Aran. Die Dunkle Samus trägt einen schwarzen Varia Suit und ernährt sich vorwiegend von Phazon welches sie sich vom dunklen Aether nimmt. Man sandte die Galaktische Föderation aus um die Probleme auf Aether zu beseitigen. Auf dem Weg in die Dasha-Region verfolgt die Föderation ein Raumschiff der Weltraumpiraten. Bei dem Eintritt in die Atmosphäre wird das Raumschiff der Föration leider beschädigt. Deswegen teilte sie sich in zwei Teams auf. Eines von ihnen repariert das Raumschiff und das andere errichtet eine Basis. Bei Teams kommen gut voran, bis dann die Ing kamen. Die gesamte Föderation wird von den Ing ausgelöscht und keiner bleibt verschont. Der Captain schleppt sich mit letzter Kraft zu einer Maschine mit deren Hilfe er für Samus Aran eine Botschaft hinterläßt und dann stirbt auch er.
Samus Aran hat nach dem Tod von Metroid Prime, dem mit Phazon verseuchten Metroid, nichts wichtiges mehr zu tun bis sie den Auftrag erhält sich in die Dasha-Region zu begeben. Mit ihrem Raumschiff fliegt sie Richtung Aether und auch ihr Raumschiff wird beim Eintritt in die Atmosphäre beschädigt. Das Raumschiff bricht durch eine Ruine und zwingt Samus dort zur Notlandung. Samus steigt sogleich aus dem Raumschiff und wandert durch die unheimliche Umgebung. Nach einem langen Marsch und dem bekämpfen mehrerer Gegner erreicht Samus schließlich die Tempelanlagen.
Dort findet sie auch ein großes Tor mit einem seltsamen Hologramm welches sie mit ihrem Scan Visor nicht entschlüsseln kann. Doch Samus kommt trotzdem weiter und erreicht schließlich den Erhabenen Tempel wo sie sogleich einen harten Kampf bestehen muss. Ein Alpha Splinter verwandelt sich durch dunkle Energie in einen dunklen Alpha Splinter welcher Samus brutal angreift. Doch mit dem Power Beam und vielen Missiles kann sie ihn schließlich besiegen und erhält das Energie-Transfermodul.
Samus schreitet durch eine weitere Tür und fährt mit einer Plattform nach oben.
Sie betritt den Energieregulator des Erhabenen Tempels. Sogleich erscheint der einzige noch lebende Luminoth namens U-Mos. Er teilt Samus den Angriff der Ing mit sowie die Existenz des dunklen Aethers. Samus erfährt wie sehr sich der Aether verändert hat.
Die einst fruchtbaren Ebenen von Agon sind verbrannt und verwandeln sich in Ödland.
Der Torvus Wald wurde vom Meer verschlungen und wird zu einem großen Sumpfgebiet.
Auch die Geheiligte Festung wurde von den Ing übernommen und wird stark bewacht.
Ebenso existiert auch jener Ort an dem der Anführer der Ing lebt. Der Ing-Imperator.
Dieser lebt im Himmelstempel und zum öffnen des großen Tores benötigt man 10 Schlüssel.
Zuerst will Samus das Ödland von Agon retten und deswegen hilft ihr U-Mos damit indem er ihr Übersetzungsmodul erweitert. Samus begibt sich zurück in die Arena und öffnet das violette Portal. Nach einer kleinen Reise erreicht Samus den Transporter nach Agon. Als sie dann weiter wandert, wird sie von Piraten angegriffen. Doch mit vielen Schüssen ihres Power Beams kann sie ihre Reise fortsetzen. Plötzlich sieht sie wieder diese schwarz gekleidete Kriegerin vor ihr welche sofort wieder hinter einer Tür verschwindet. Samus kann sie einholen und beobachtet wie das gesamte Phazon von der Kriegerin absorbiert wurde. Sogleich beginnt der Kampf uns Samus scannt ihre Gegnerin. Ihr Name ist Dunkle Samus und diese verwendet eine Streuschuss Variante des Charge Beams. Von ihrem Schutzschild prallen sogar alle Missiles ab. Doch Samus feuert ohne Pause und schließlich kann sie die Dunkle Samus besiegen. Diese schreit und explodiert schließlich.
Daraufhin aktiviert sich ein Transporter mit dem Samus ein Stückchen nach oben fährt. Hinter der Tür findet Samus den Dark Beam welcher mit Schattenenergie arbeitet. Fortan kann Samus alle dunklen Türen öffnen und gegen Feinde des Aethers besseren Schaden erzielen. Nach einiger Zeit erreicht Samus eine Basis der Piraten welche sie sogleich attackieren. Doch Samus kann alle Piraten auslöschen und ihre Reise fortsetzen. Dann gelangt sie in einen Raum wo sich ein Dunkles Portal befindet. Mit dem Dark Beam aktiviert sie es und reist zum Dunklen Aether.
Dort erhält Samus den ersten von drei Schlüsseln welche sie benötigt um den dunklen Tempel von Agon zu betreten. Nach etlichen Ing und anderen Kämpfen erlangt Samus den Light Beam welcher mit reiner Lichtenergie arbeitet. Damit kann Samus helle Portale öffnen und besonders den Ing enormen Schaden zufügen. Schließlich hat es Samus geschafft alle drei Schlüssel zu erlangen. Damit öffnet sie das Tor zum Dunklen Tempel von Agon und plötzlich erscheint der Endgegner namens Amorbis. Mit den aufgeladenen Schüssen des Power Beams und mehreren Missiles kann sie den Panzer von einem der drei Köpfe zerstören. Amorbis saugt Samus ein doch die verwandelt sich in den Morph Ball und plaziert in seinem Rachen eine Bombe.
Schließlich kann Samus in allen drei Köpfen Bomben legen und dann ist Amorbis endlich vernichtet. Zurück bleibt ein ganz neuer Anzug welcher Samus’ Varia Suit ersetzt. Der Dark Suit.
Mit diesem Anzug ist Samus besser gegen die giftige Atmosphäre des dunklen Aethers geschützt.
Samus schreitet durch eine weitere Tür und erreicht den Energieregulator des dunklen Agon.
Samus absorbiert die gesamte Energie und speichert sie mit Hilfe des Energie-Transfermoduls.
Nun muss Samus die Energie nur noch die Energie beim echten Tempel abliefern. Deswegen schreitet sie durch ein helles Portal und betritt den Tempel von Agon. Beim Energieregulator rammt Samus ihren Kanonenarm in die Öffnung und transferiert die Energie.
Diese wird sofort mit einem Affenzahn durch eine Scheibe in Richtung Erhabener Tempel geschleudert und erreicht den großen Energieregulator. U-Mos ruft Samus zu sich und diese will gerade gehen als sie den Holoprojektor sieht und aktiviert. Es zeigt sich I-Sha der Erbauer des Agon Tempels. Er bedankt sich bei Samus und erweitert ihr Übersetzungsmodul.
Samus erreicht den Erhabenen Tempel und dort teilt ihr U-Mos mit das die Ing verstärkt in Sumpf von Torvus anzutreffen sind. Samus verlässt U-Mos und öffnet das bernsteinfarbene Portal.
Schließlich erreicht Samus den Transporter und sie befindet sich im Sumpf von Torvus.
Es regnet unaufhörlich doch Samus lässt sich nicht abschrecken und geht weiter. Nach vielen neuen Gegner und Kämpfen verfügt Samus jetzt über Grapple Beam, Boost Ball und Super Missiles. Auch im Sumpf von Torvus reist sie mehrmals zwischen den Welten hin und her um alle drei Schlüssel zu erlangen. Samus betritt den Tempel vom Dunklen Torvus und findet dort einen großen Kokon. Samus feuert vier Missiles auf die Verbindungen und der Kokon fällt zu Boden und bricht auf. Daraus schlüpft der Endgegner die Chykka Larve. Das Vieh hat eine Abneigung gegenüber hellem Licht und deswegen geht Samus verstärkt mit dem Light Beam auf das Monster los. Nach vielen Schüssen verwandelt sich das Wesen und ist nun Chykka. Mit den Schüssen von Samus’ Waffen kann sie Chykka bloß betäuben. Aber das reicht aus, um die Flügel verwundbar zu machen. Sogleich benutzt Samus ihr Raketen-Aufschaltsystem und feuert vier Missiles gleichzeitig ab welche die Flügel treffen. Nach mehreren Treffern powert sich Chykka mit dunkler Energie auf und wird zum Dunklen Chykka. Der gesamte Körper des Gegners ist unverwundbar. Aber Samus entdeckt eine Schwachstelle. Der Eibeutel ist stark verwundbar und deswegen feuert Samus gleich mehrere Salven ab.
Endlich hat Samus den fiesen Chykka besiegt und erhält Zutritt zum Energieregulator. Die Belohnung ist diesmal der Dark Visor. Damit erkennt Samus mehrere Plattformen die zur Tür führen. Samus zapft dem Dunklen Torvus die Energie ab und speist sie im hellen Tempel wieder ein. Sie verlässt den Sumpf von Torvus und kehrt erneut zum Erhabenen Tempel zurück.
U-Mos erzählt Samus von der Geheiligten Festung welche ebenfalls den Ing zum Opfer gefallen ist. Samus öffnet das letzte noch verbliebene Portal und reist zur Geheiligten Festung.
Diese ist stark bewacht, sowohl von Ing als auch von Piraten. Dennoch kann Samus den Spiderball erringen. Mit diesem kann Samus an speziellen Magnetschienen entlang rollen.
Samus traut ihren Augen nicht als sie plötzlich wieder der dunklen Samus gegenübersteht.
Diese hat sich tatsächlich regeneriert und ihre Fähigkeiten haben sich enorm verbessert.
Samus eröffnet sofort das Feuer und trifft ihre Gegnerin sehr oft. Doch dann mach sich die dunkle Samus unsichtbar. Mit dem Dark Visor kann Samus sie jedoch aufspüren und weiter schießen.
Eine Super Missile gibt der dunklen Samus schließlich den Rest. Diese ist jedoch nicht ganz besiegt, zerschießt ein Fenster und stürzt sich in den tiefen Abgrund. Samus wandert über den Sims weiter und erlangt den Echo Visor. Damit kann Samus spezielle Tore öffnen und ihre Reise fortsetzen. Schließlich erringt Samus alle drei Schlüssel und betritt den dunklen Tempel.
Der Endgegner namens Quadraxis ist ein riesengroßer Blechdroid. Mit den Super Missiles zerstört Samus alle vier Beine und dann fliegt der Kopf durch die Luft. Mit dem Echo Visor sieht Samus eine Antenne die dem Kopf die Daten sendet. Als Samus diese zerstört, wird auch die Antenne auf dem Kopf sichtbar. Als Samus auch diese zerstört muss sie noch zwei weitere Antennen zerstören. Daraufhin zersplittert das Glas welches den Kopf schützt. Nun katapultiert sich Samus als Morph Ball in den Kopf und zündet eine Bombe. Nach der zweiten Bombe ist Quadraxis endlich vernichtet und Samus erhält den Annihilator Beam. Dieser Beam benutzt gebündelte Licht- und Schattenenergie. Samus öffnet die neue Tür und holt sich die Energie ab.
Danach bringt sie die Energie zurück und verlässt die Geheiligte Festung.
Auf dem Weg zu U-Mos findet Samus noch den Light Suit welcher sie perfekt vor den todbringenden Winden des dunklen Aethers schützt. Nun betritt Samus den Himmelstempel wo sich der Ing-Imperator aufhält. Um das große Tor zu öffnen muss Samus ganze 10 Schlüssel finden. Nach langer Zeit hat Samus alle Schlüssel zusammengetragen und öffnet das Tor.
Der Ing-Imperator ist riesengroß doch Samus macht sich mit dem Light Beam an die Arbeit.
Nach einem extrem harten und langen Kampf, hat Samus den Ing-Imperator endlich besiegt und Aether gerettet. Samus verlässt den Raum doch da erscheint noch einmal die dunkle Samus.
Diesmal kann Samus ihre Gegnerin nur mit dme Echo Visor sehen. Nach vielen Attacken errichtet die dunkle Samus einen unzerstörbaren Schutzschild und feuert viele kleine Phazon Teilchen auf Samus ab. Doch Samus suagt sie mit dem Power Beam auf und plötzlich leutet ihr Arm blau auf. Samus feuert den Strahl ab und dieser durchbricht den Schutzschild der dunklen Samus welche frontal getroffen wird und sich schließlich in Luft auflöst.
Endlich ist der Aether gerettet und Samus Aran ist einmal mehr die Retterin des Universums.